De Stellingwerven waren nogal onrustig in de Middeleeuwen. Zo streden Noordwoldigers samen met andere Stellingwervers o.a. in 1361 tegen de Utrechtse bisschop Jan van Arkel omdat ze weigerden belasting te betalen. De bisschop won en het leger plunderde en vernielde het dorp. Na de plundering verhuisden de bewoners naar de plek, waar nu de kerk staat. Rond 1400 bouwden ze daar een nieuwe kerk, bovenop het veen, volgens de huidige afmetingen.

Eind 16e eeuw komen na de Reformatie de eerste predikanten naar Noordwolde. Ze worden snel weer afgezet, omdat ze in conflict komen met de gemeente. Dit wordt beter als in 1600 of 1601 Jodocus Hermanni de Vos vanuit Wolvega naar Noordwolde komt. Hij is predikant van Steggerda, Vinkega, Noordwolde en Boijl en woont in Noordwolde. Hij gaat in 1623 met emeritaat en wordt opgevolgd door ds. Henricus Horstenius.
Deze predikant en zijn nazaten komen verschillende keren voor in de geschiedenis van onze kerk. De beelden waren uit de kerk gehaald en de kerkdiensten werden gehouden in de voormalige RK kerk. Ds. Horstenius neemt in 1640 de leiding bij de herbouw van de kerk. De heer S. Algra schrijft in: "Rond de kerkrestauratie van Noordwolde (Fr.)" dat ge- zien de keuze van bouwmaterialen en het verwerken van veel uit de afbraak der vorige kerk, de tijdsomstandigheden niet bijster florissant waren". Het valt te betwijfelen of deze conclusie helemaal juist is. Weliswaar wordt de kerk herbouwd op de bestaande funda- menten en is de westgevel tot voet topgevel, de fundering contreforten en de trekbalken en gedeelte kap in west- en oosteinde gebruikt. Toch voegen ze er de mooi bewerkte preekstoel aan toe die in het koor komt te hangen. Dat duidt niet op armoede. En waar- om goede dingen weggooien? Het laatste onderdeel uit 1400 is pas verwijderd tijdens het grootonderhoud dat deze kerk onderging gedurende de laatste 10 jaar. Het was toen voor een groot deel opgegeten door de Bonte Knaagkever.

Ds. Horstenius is ook medeondertekenaar van het contract (zie Avondmaalstafel) voor het graven van de Noordwoldervaart. Rijke kooplieden uit Amsterdam beleggen hier hun geld  in grond om turf te steken. De grootste grondbezitter is Heuffs van Wijlandt. Zijn schoondochter Elisabeth Indi- scheraven is in 1685 in deze kerk begraven. In 1686 verkoopt hij zijn grond aan Willem Kennemer die in 1702 overlijdt en ook in de kerk wordt begraven. De kerk heeft er uitgezien zoals de heer Stellingwerf hem in 1724 tekent: zonder toren, met klokkenstoel.

(zie afbeelding).